Des bactéries et des fourmis
Alain Lenoir mis à jour 09-Oct-2025
Les bactéries des fourmis sont connues depuis longtemps mais on s'intéresse de plus en plus à elles depuis le développement des résistances aux antibiotiques. On trouve des bactéries symbiotiques dans l'intestin, elles aident au métabolisme et à l'immunité de la fourmi. On en trouve aussi sur la cuticule et partout sur et dans le corps de la fourmi. Elles forment le microbiome comme chez tous les animaux y compris l'homme. Ce microbiome participe à de très nombreux aspects de la biologie de la fourmi et de toute la vie de la société, par exemple lors des échanges trophallactiques et des léchages interindividuels, et même dans la formation de l'odeur coloniale. Elles participent aussi à la mémorisation chez les bourdons. C'est aussi un bel exemple d'évolution pour la symbiose. On parle maintenant d'holobionte.
Les 
  idées sur l'évolution sont en pleine mutation, en effet tout individu 
  (animal, plante) est en fait un véritable écosystème 
  et il comprend toute une série d'organismes symbiotiques comme des bactéries, 
  champignons et micro-algues et l'évolution agit sur cet ensemble. 
  A voir le très beau documentaire d'Arte : Ces 
  microbes qui nous gouvernent. 
  On y parle de l'homme bien sûr, des hyènes, des 
  souris, de guêpes, de seiches... Les billets de banque sont toujours "sales" 
  selon Barthélémy (2016) puisqu'ils portent de très nombreuses 
  bactéries. Les activités humaines transforment radicalement la 
  circulation des micro-organismes (bactéries, 
  champignons, micro-algues) sur la planète, avec des répercussions 
  probables sur les écosystèmes et les populations. On 
  trouve par exemple une dispersion considérable de l'interféron 
  de classe 1 qui favorise la résistance aux antibiotiques (Zhu 
  et al 2017, voir Luk 2018). La médecine légale s'intéresse 
  de plus en plus aux bactéries qui signent le passage d'une personne (Cabut 
  et Herzberg 2017). Wilson, 
  dans son livre de souvenirs en 1994 parlait déjà de la formidable 
  biodiversité des bactéries (pdf). 
  Pourtant, on va de plus en plus faire face aux bactéries 
  résistantes aux antibiotiques. Par exemple, en Inde où l'on fabrique 
  la plupart des antibiotiques utilisés, de nombreuses résistances 
  apparaissent, ce qui risque de poser des problèmes au niveau mondial 
  (Barnéoud et Bomboy 2018). Le 
  microbionte des fourmis intéresse de plus en plus de monde. Un article 
  de chercheurs du Costa Rica fait le bilan pour les Camponotus (citant 
  nos travaux sur les Blochmania pour l'immunité), les Cephalotini 
  et les Attini, essentiellement pour les symbioses nutritives. C'est une source 
  nouvelle pour la recherche d'antibiotiques (Artavia-León et al 2019).
  Pascal Picq (2013) dit : « Ainsi, les pires atteintes à la 
  biodiversité susceptibles de mettre en danger l’avenir de l’humanité 
  ne viendront pas de l’extinction des tigres ou des gorilles, mais de la 
  disparition de ces multitudes de micro-organismes qui sont des partenaires silencieux 
  de notre évolution. La course à l’asepsie est devenue une 
  ineptie anti-évolutionniste dont les maladies nosocomiales ne donnent 
  qu’un petit aperçu. Réapprenons à vivre avec les 
  micro-organismes ! » 
Science & Vie de janvier 
  2021 présente une revue complète sur le microbiome qui intervient 
  chez l'homme dans des domaines de plus en plus nombreux comme les relations 
  sociales (par exemple aussi chez les drosophiles), le développement, 
  l'immunité, les gouts, les émotions. Le corps humain est une véritable 
  symbiose avec des milliards d'organismes microscopiques (y compris des champignons). 
  En ce qui concerne la vie sur terre, "L'interdépendance est la règle" 
  entre tous les organismes et leur microbiote (par exemple les abeilles - Vernier 
  et al 2020). On parle 
  maintenant d'holobionte et d'hologénome 
  qui rassemble microbiotes et l'hôte.
  Le microbiome devient un sujet 
  très important. Voir par exemple le dernier numéro de Science 
  et Vie. Les insectes sociaux bien sûr sont concernés. Sur Google 
  Scholar, en 2020 on trouve 1 050 citations avec la référence "microbiome 
  ants" contre 50 en 2010...  
Hologénome : un nouveau nom qui apparait dans la littérature. Dans Bibliovie, il n'existe pas avant 2000 et 91 fois pour Google Scholar, 216 fois pour la période 200/2019, 264 fois par an entre 2010 et 2019, puis explosion en 2020 avec 594 fois.
Voir "Le charme discret de l'intestin" de Giulia Enders. On découvre tous les jours un peu plus le rôle des microbes. J'ai commencé à m'y intéresser quand, avec mon étudiant Danival Souza, on a découvert des bactéries symbiotiques chez les fourmis Camponotus. Depuis on s'aperçoit que les microbes font partie de notre organisme. Il faut repenser l'évolution non pas en terme d'individu mais d'écosystème complexe : il y a création d’entités entre un hôte et ses bactéries que l'on peut assimiler à un nouvel organisme, un superorganisme, ce que l'on peut qualifier de transition majeure (Kiers and West 2015). On a même créé la théorie de l'hologénome qui me semble excellente (Zilberg-Rosenberg and Rosenberg 2008). Giulia Enders reprend cette idée en disant "Depuis peu, la science considère l'être humain comme un véritable écosystème" (Enders p. 191).
De nombreuses espèces 
  de bactéries sont symbiotes d'insectes. Chez les abeilles, fourmis et 
  guêpes on trouve 197 espèces d'actinobactéries symbiotes, 
  essentiellement des Streptomyces et quelques Pseudonocardia 
  et Amycolatopsis (Matarrita-Carranza et al 2017). Le glyphosate pourrait 
  être une cause possible supplémentaire du déclin des abeilles 
  domestiques car il réduit l'abondance du microbiome, elles sont fragilisées 
  et plus sensibles à des bactéries pathogènes (Foucart 2018). 
  Les microbes symbiontes des insectes intéressent de plus en plus les 
  chercheurs. On connaissait déjà leur rôle dans la nutrition, 
  la digestion et la défense de l'hôte. Ils sont aussi sensibles 
  aux variations de température de leurs hôtes en fonction de l'environnement. 
  Ils aident la synthèse de cuticule et la sclérotisation qui permettent 
  la résistance à la dessication (voir de Souza et al 2011). 
  Ils peuvent aussi détoxifier des métaux lourds.
  La deltaméthrine (insecticide 
  pyréthrinoïde, neurotoxique, très utilisé contre les 
  moustiques) réduit significativent la durée de vie des abeilles, 
  et aussi diminue la diversité du microbiome intestinal. Certaines bactéries 
  accroissent la résistance des abeilles à la deltaméthrine 
  en augmentant la production de défensine et de Toll (Dong et al 2022)
Chez les termites mangeurs de bois il y a évidemment un important microbiome. Celui-ci peut évoluer lors de migrations comme c'est le cas pour le termite Reticulitermes flavipes originaire de Louisianne et introduit en France au cours du 18ème siècle (Dedeine et al 2017). La socialité aurait été favorisée chez les insectes qui vivent dans le bois plus ou moins pourri, depuis les soins parentaux jusqu'à l'eusocialité des termites. Il est facile de transmettre les microbiotes aux descendants. Les interrelations comme les léchages interindividuels et le nettoyage du nid ont permis la lutte contre les microbes invasifs (Dillard et Benbow 2020).
Les fourmis ne sont pas en reste puisque l'on y trouve de nombreuse bactéries.
Une revue faite sur 4 genres (Camponotus avec Blochmannia, Plagiolepis, Formica et Cardiocondyla) montre que le seul point commun est la capacité des bactéries à synthétiser la tyrosine. Cela signifie qu'il y a eu des évolutions parallèles indépendantes dans l'adoption des symbiontes par les fourmis (Jackson et al 2022).
- Chez Camponotus les bactéries symbiotes Blochmania ont été découvertes depuis plus d'un siècle mais leur rôle vient seulement d'être compris. En effet il est impossible de les élever comme des bactéries "normales". Chez C. fellah, on les trouve dans le tube digestif dans des cellules spécialisées appelées bactériocytes. Danival Souza à Tours pendant sa thèse a montré qu'elles facilitent la croissance de la colonie et les défenses immunitaires (Souza et al 2006, Souza et al 2009). Ces bactéries sont transmises par la reine depuis ses ovaires vers les oocytes (Kupper et al 2016). Si on traite les fourmis avec un antibiotique, elles vont réagir comme en situation de stress, produire plus d'hydrocarbures cuticulaires et devenir plus mélanisées (Souza et al 2011).
Les bactéries endosymbiotiques 
  Blochmannia ont évolué chez les fourmis Camponotus 
  mais se 
  retrouvent aussi chez Polyrachis et Colobopsis (Rafiqi et 
  al 2020, voir Nick 2020) :
  "Les 
  scientifiques estiment que l’interdépendance entre la bactérie 
  Blochmannia et les fourmis Camponotini remonte à il y a 51 millions d’années. 
  Les chercheurs ont découvert que la bactérie entoure complètement 
  la lignée germinale. Le développement de l’embryon est parfaitement 
  organisé. Ainsi, les biologistes ont examiné de près les 
  gènes qui régulent la lignée germinale et le contenu génétique 
  de ces fourmis. L’équipe de scientifiques a constaté des 
  faits exceptionnels. Normalement, chez les insectes, les gènes de la 
  lignée germinale sont localisés à un seul endroit dans 
  l’ovule. Pourtant, dans le cas étudié, ils sont situés 
  sur quatre endroits différents. « Personne n’a jamais rien 
  vu de tel chez un autre insecte », a déclaré Arjuna Rajakumar, 
  coauteur de l’article. Par ailleurs, d’après ce qu’a 
  expliqué Matteen Rafiqi, biologiste à l’Université 
  Bezmialem Vakif à Istanbul, les gènes qui définissent la 
  structure du corps apparaissent normalement à un stade tardif du développement 
  de l’embryon. Or, chez le Camponotini, sont apparus très tôt 
  et se situent aux quatre mêmes endroits que les gènes de la lignée 
  germinale. Les scientifiques ont dû travailler avec plus de 30 espèces 
  de fourmis étroitement apparentées. Toutefois, ils ont réussi 
  à reconstituer les étapes de fusion. Ils ont retracé le 
  processus depuis l’époque où les gènes de la lignée 
  germinale étaient localisés dans un seul endroit, jusqu’à 
  ce qu’ils se retrouvent, avec les gènes Hox, dans quatre zones 
  différentes.
  « Ces connaissances peuvent conduire à une meilleure compréhension 
  de l’origine des organismes complexes », a souligné Ehab 
  Abouheif, biologiste à l’Université McGill et auteur principal 
  de l’article.
  « Ces étapes d’unification pour former une relation endosymbiotique 
  obligatoire nous aideront à comprendre d’autres fusions majeures 
  qui ont donné naissance à des formes de vie complexes, comme lorsque 
  des organismes unicellulaires se sont réunis pour former des organismes 
  multicellulaires », a-t-il confié."
Au cours de cette coévolution la fourmi (Camponotus) a même appris à contrôler les bactéries par autophagie (Gonçalves et al 2020).
On sait que les fourmis comme Camponotus floridanus utilisent l'acide formique comme arme défensive mais c'est aussi un antimicrobien. Elles s’arrosent d’acide formique juste après le repas. Elles en récupèrent en se toilettant et il va dans le jabot où il entretient le milieu acide favorable aux bactéries symbiontes. Durant les heures qui suivent, les fourmis se toilettent plus fréquemment au niveau de l’acidopore et le pH dans la lumière de leur intestin moyen augmente. Alimentées par un sirop contaminé par Serratia marcescens (bactérie pathogène), les ouvrières à l’acidopore bouché encourent un risque de mort accru, de même que celles à qui elles ont donné du régurgitat. Cela semble valable aussi pour d'autres Formicines (Camponotus maculatus, Lasius fuliginosus, Formica cinerea, F. cunicularia, F. pratensis et F. rufibarbis). Voir Pharmacon d'Alain Fraval (Tragust et al 2020).
Voir aussi (Demeure 2020) 
  : 
  "Chez les humains, l’estomac produit directement l’acide 
  gastrique, celui-ci permettant de réduire la taille des portions alimentaires 
  en dénaturant les protéines. Également, l’acide gastrique 
  tue la plupart des bactéries indésirables. Il s’agit d’une 
  solution d’acide chlorhydrique dont la concentration et le pH varient 
  selon la distance d’un repas. Chez les fourmis (Formicidae), il existe 
  un équivalent. Ces insectes produisent un poison à l’aide 
  de glandes spécifiques situées au niveau de l’abdomen.
  Selon une étude publiée dans eLife le 3 novembre 2020, les fourmis 
  aspirent leur propre poison. Les chercheurs de l’Université de 
  Bayreuth (Allemagne) sont formels : cette technique permet aux fourmis de procéder 
  à une acidification de leur estomac. Le principal auteur de l’étude, 
  Simon Tragust, explique que ceci permet de limiter la prolifération des 
  microbes pathogènes avalés par accident. De plus, les fourmis 
  procéderaient à ce nettoyage après chaque repas. «Après 
  avoir accédé à l’acide, les fourmis voient leurs 
  chances de survie considérablement augmenter après avoir mangé 
  des aliments enrichis en bactéries pathogènes», a déclaré 
  Simon Tragust dans un communiqué." 
- Il y a aussi des bactéries symbiotiques dans le tube digestif des Dolichoderus du Pérou. Ces fourmis sont herbivores, mangent du miellat de pucerons et du nectar extrafloral pauvres en azote. Les bactéries aident au recyclage de l'azote et la synthèse de vitamines et amino-acides. Au contraire chez Harpegnathos saltator carnivore, les gènes ne sont plus présents au profit de ceux qui permettent la transformation d'histidine et arginine en glutamine. Les bactéries sont des Bartollenaceae que l'on retrouve aussi chez l'abeille et qui provoquent des infections chroniques ou pathogènes chez les mammifères (Bisch et al 2018).
- Chez les fourmis champignonnistes on a découvert ces dernières années que la symbiose entre la fourmi et champignon cultivé est bien plus complexe que ce que l’on pensait. Des champignons parasites très virulents du genre Escovopsis peuvent se développer dans la culture et tuer la colonie rapidement. La réponse des fourmis a été de domestiquer des actinobactéries du genre Pseudonocardia qui se trouvent sur le corps de la fourmi et secrètent des antibiotiques (tâches blanches sur les photos ci-dessous). Un gros article de l'équipe de Cameron Curie a montré l'évolution des champignonnistes qui ont domestiqué ces bactéries pour se protéger des Escovopsis qui attaquent les champignons. L'un des antibiotiques a été identifié, il s'appelle dentigérumycine (Oh et al 2009); mais il ne semble pas qu'il soit intéressant pour l'homme. Ces bactéries secrètent d'autres antibiotiques comme la candicidine (connue depuis 1953) qui sont actifs aussi contre des Streptomyces (Haeder et al 2009, Dangelo et al 2016). Ces bactéries sont aussi emportées par la jeune reine fondatrice. Le système est encore bien plus complexe avec des levures qui mangent les bonnes bactéries ; et d’autres micro-organismes en cours de découverte. On vient par exemple de trouver des bactéries fixatrices d’azote comme celles qu’on trouve dans les racines de légumineuses. Il existe un véritable « microbiome » bactérien dans la meule à champignon où ce sont des bactéries qui digèrent les parois cellulaires des plantes (Suen et al. 2010). Les fourmis champignonnistes ont aussi une flore bactérienne importante dans leur estomac, mais elle est simple. Acromyrmex possède principalement seulement 4 taxa bactériens (Wolbachia, Rhizobiales et 2 Entoplasmatales). Les Rhizobiales sont uniquement extracellulaires dans l’intestin où elles forment des biofilms (ce qui les protège des antibiotiques comme la tétracycline) et possèdent des protéines permettant la fixation d’azote (Sapountzis et al. 2015).
Nathaniel Herzberg du Monde attire notre attention sur une publication récente "Contre l’antibiorésistance, les fourmis donnent l’exemple" : les fourmis Acromymex ont adopté des bactéries Pseudonocardia pour lutter contre d’autres bactéries, les Streptomyces, qui tuent le champignon symbiotique. (voir Pathak et al 2019).
Chez les Acromyrmex echiniator du Panama il y a de nombreuses bactéries dans le tube digestif (des Wolbachia, des entomoplasmales EntAcro, des rhizobiales). Le traitement avec de la tétracycline perturbe la production de deux acides gras (4-oxo-octanoic acide et 4-oxo-decanoic acide) de la glande métapleurale et modifie un peu le profil des hydrocarbures cuticulaires (pour le C36 et le C40). Cela entraîne des modifications dans la reconnaissance coloniale. Les auteurs ont même essayé de faire un traitement avec des goutelettes fécales de fourmis normales mais c'est seulement partiellement efficace ! (Teseo et al 2019);
Les Pseudonocardia sont des Actinobactéries symbiontes des fourmis champigonnistes qu'elles protègent avec des antifongiques et antibiotiques divers. Il y a des échanges de bactéries à tous les niveaux entre fourmis et surtout aussi avec des bactéries de l'environnement avec des transferts horizontaux. De quoi vous faire tourner la tête. On connait déjà près d'une vingtaine d'antibiotiques et antifongiques de Pseudonocardia (avec de jolis noms comme gérumycine, selvamycine..) et on espère en découvrir encore beaucoup d'autres (Goldstein et al 2020).
Trachymyrmex 
  avec Pseudonocardia 
  : 
- Chez les fourmis rousses en dôme de nos forêts, la chaleur du dôme serait fortement influencée par les bactéries qui se nourrissent de miellat et de résine (Jílková et al 2018).
- Les fourmis 
  Azteca qui vivent en symbiose avec les Cecropia (parasoliers) 
  logent dans les entre-nœuds de la plante. Les chambres ont des fonctions 
  déterminées : pouponnière, réserve de nourriture, 
  salle de repos, décharge. Chaque chambre de la domatie a un microbiome 
  particulier et différent de celui du milieu environnant. Les Azteca 
  maintiennent une propreté excellente, surtout autour du couvain. En revanche, 
  elles ne s’occupent pas des agents de maladies pouvant affecter le parasolier 
  ; de ce point de vue, elles ne le protègent pas.
  Les microbiomes varient selon l’endroit mais partout, la propreté 
  est bien supérieure à ce qu’on trouve dans nos maisons et 
  appartements.. Voir Lucas et al 2019 et Une 
  leçon de propreté. 
- On vient aussi de découvrir que les fourmis influencent la flore bactérienne sur les feuilles de l'acacia. En absence de la fourmi Pseudomyrmex hindsii les feuilles sont plus attaquées par des pathogènes et présentent donc plus de dommages comme des trous ou des zones sombres. C'est aussi le cas si l'arbre est colonisé par une fourmi parasite Pseudomyrmex gracilis (on parle de parasite car la fourmi ne défend pas l'arbre contre les prédateurs). Ce fait est lié à des modifications de la flore bactérienne des feuilles. On a donc un effet indirect (González-Teuber et al 2014).
- M. Cooling et B. Hoffmann en Australie ont observé que entre 2003 et 2014 la fourmi folle jaune pouvait disparaître spontanément dans divers endroits (Cooling and Hoffmann 2015). Cette disparition pourrait être due à des virus, et d'autres bactéries pathogènes comme Rhabdochlamydia, Serratia et Cardinium (Cooling et al 2016).
- En 2017 on vient d'identifier toute une série d'antibiotiques efficaces contre deux bactéries résistantes aux antibiotiques. Ce sont des polypeptides aromatiques appelés fasamycins et formicamycins issus de bactéries filamenteuses actinomycètes. Ces bactéries ont été trouvées dans des nids de fourmis Tetraponea penzigi dans des domaties sur des acacias au Kénya (Qin et al 2017). On en trouve aussi chez des guêpes.
- Chez Cephalotes, fourmi tortue arboricole se nourrissant de nectar, de pollen, de champignons, régimes à faible teneur en azote nécessitant l'action de bactéries, le transfert des bactéries des fourmis les plus âgées aux plus jeunes se fait par secrétions anales ("transplantations fécales" selon Charpentier 2018, coprophagie selon Lanan et al).
Le 
  rôle important des bactéries chez les fourmis tortues Cephalotes 
  varians.
  "En utilisant de l'urée marquée avec son isotope azote 
  15N qu'ils ont pu tracer par spectrométrie de masse et spectroscopie 
  RMN, les équipes ont montré que tous les composants cuticulaires 
  (protéines, chitine et agents de réticulation) étaient 
  enrichis en 15N, mettant en évidence l'apport en azote dans la cuticule 
  par bactéries symbiotiques qui réalisent la transformation de 
  l'urée. Ces résultats montrent que acides aminés produits 
  par les bactéries sont utilisés dans les différentes voies 
  de biosynthèse nécessaires à la formation de la cuticule. 
  Résultats qu'il faut maintenant tenter de relier aux propriétés 
  mécaniques de ces carapaces." (Article de Duplais et al 2021, 
  voir Adrien 2021).
- Les larves de Liometopum (escamole du Mexique) sont très recherchées pour leur goût (caviar des mexicains). Elles ont des bactéries symbiotes du type Firmicutes fixatrices d'azote, ce qui explique leur haute teneur en protéines, alors que les adultes ont surtout des Protéobactéries. Les bactéries des larves sont contenues dans des bactériocytes, elles servent à la synthèse des vitamines et des acides aminés (González-Escobar 2018). Voir Fourmis comestibles.
- Les Allomerus ont aussi dans leurs nids des actinobactéries (6 Streptomyces et 1 Amycolatopsis) qui les protègent contre les champignons parasites (Seipke et al 2012).
- Il est même possible que la production d'alcaloïdes soit liée à la présence de bactéries comme cela vient d'être montré chez les Aphaenogaster. A. senilis a de grandes quantités d'alcaloïdes dans sa glande à poison alors que A. iberica n'en a pas du tout. Si on traite les A. senilis avec un antibiotique, la production d'alcaloïdes chute considérablement (94%). Le traitement induit aussi un état de stress qui se traduit par une augmentation d'hydrocarbures cuticulaires. Le traitement n'a aucun effet sur A. iberica (Lenoir et Devers 2018). Cela vient d'être confirmé avec des bactéries du genre Serratia qui ont été trouvés chez les attines Atta et Acromyrmex, qui produisent des pyrazines (phéromones de piste de la glande à poison), à partir de thréonine (Silva-Junior et al. 2018). On vient aussi d'en trouver chez Myrmica scabrinodis (Scarparo et al 2020).
- Les fourmis Cataglyphis du désert de Tunisie ont des bactéries Weissella dans leur tube digestif que l'on trouve aussi dans les crottes de chameau. Ces dernières ont des propriétés anti-cholestérol et antibiotiques. On pourrait en faire peut-être des probiotiques (Fhoula et al 2018).
- Transferts de gènes entre fourmis et bactéries. Oui, la bactérie Streptomyces clavuligerus qui fabrique des peptides anti-microbiens aurait récupéré les gènes permettant leur synthèse à partir d'hyménoptères dont de nombreuses espèces de fourmis (Ayala-Runao et al 2019). Mais on n'a pas trouvé de transferts horizontaux entre la fourmi Formica sanguinea et ses esclaves Serviformica pour les symbiontes Wolbachia et Spiroplama ou Entomoplasma (Haapaniemi and Pamilo 2015).
- Le lait des fourmis. Une belle découverte de l'équipe de Kronauer : les pupes d'Oocera biroi secrètent lors de la mue imaginale un fluide riche en nutriments, hormones et substances neuroactives. Cette secrétion est rapidement consommée par les jeunes larves. Elle est cruciale pour la survie des pupes, si elle n'est pas consommée, des infections fongiques tuent la pupe. Cela peut être comparé au lait des mammifères (Snir et al 2022, voir commentaires de d'Ettorre et Tsuji 2022 et Herzberg 2022).
- La cuticule des fourmis héberge aussi bien sûr de nombreuses bactéries comme l'a montré Caroline Birer dans sa thèse (Birer 2017, Birer et al 2017, Birer et al 2020). Chez les espèces Atta cephalotes et Pseudomyrmex penetrator les résultats du métabarcoding ADN révèlent des différences inter- et intraspécifiques dans la composition des communautés bactériennes cuticulaires. Elle identifié un dipeptide cyclique (Cyclo(LPro-LPhe)) antimicrobien qui a été isolé à partir d’une souche proche de Streptomyces. La composition du microbiote bactérien cuticulaire des espèces Camponotus femoratus et Crematogaster levior dans les jardins de fourmis a été anlysée. Les résultats soulignent l’acquisition d’une partie du microbiote à partir de l’environnement. En parallèle l’analyse métabolomique des cuticules montre à contrario une plus grande spécificité liée à l’espèce de fourmi.
Chez les autres Arthropodes : on trouve des bactéries un peu partout quand on les cherche.
- Le microbiome des coléoptères myrmécophiles des nids de Formica polyctena semble très varié. On y trouve comme chez les fourmis des Wolbacchia et des Rickettsia (Kaczmarczyk-Ziemba et al 2020).
- De nombreuses punaises sont porteuses de Wolbachia. Suite à un traitement antibiotique, les punaises produisent moins de substances défensives et de phéromones d’alarme (Becerra et al. 2015).
- L'odeur coloniale des termites est influencée par les bactéries du tube digestif (Matsuura 2001, Minkley et al 2006).
- Chez les isopodes les Wolbachia protègent contre des infections de microbes pathogènes intracellulaire (Braquart-Varnier et al. 2015). Chez Armadillidium les bactéries symbiotiques Wolbachia ont un rôle dans la mise en place de l’odeur cuticulaire qui permet le choix d’orientation sexuelle, les mâles savent différencier des femelles infectées ou non (Richard 2017.
 - Les abeilles 
  ont aussi évidemment une flore intestinale importante avec des microbes 
  capables de digérer le pollen et le nectar. Les abeilles avec une flore 
  variée résistent mieux à certains parasites (Enders 2015 
  p.214). Chez 
  l'abeille domestique on trouve 8 phylotypes de bactéries intestinales. 
  En Chine, on a traité des larves d'ouvrières en 
  milieu stérile de manière à les rendre 
  déficientes en bactéries du microbiote intestinal. 
  Les abeilles sans bactéries font 28 fois moins d'apidacéine, une 
  protéine antimicrobienne, que celle à qui on avait ensuite inoculé 
  des bactéries de tube digestif. Elles sont moins résistantes à 
  une infection par Escherichia coli (Nature 2017; Kwong et al 2017). 
   
  Chez les abeilles sans microbiote intestinal l'expression de certains gènes 
  du système immunitaire est affaiblie (apidacéine, abacéine, 
  hyménoptacéine et JNK, mais pas des défensines) et aussi 
  pour la vitellogénine. Par ailleurs, les bactéries intestinales 
  inhibent la prolifération du Nosema ceranae (parasite microsporide) 
  (Wu et al 2020). 
  Le microbiote participe à la mise en place de l'odeur coloniale avec 
  les hydrocarbures et 
  donc à l'identité coloniale. Chaque colonie possède un 
  microbiome spécifique qui influe sur les hydrocarbures. Pour le moment 
  on ne sait pas comment cela se réalise, peut-être en modifiant 
  l’expression des enzymes utilisées dans la synthèse des 
  hydrocarbures, ou en fournissant différents composés aux œnocytes 
  où se fait la synthèse (Vernier et al 2020, voir Rohrbacher 2020). 
  Chez certains coléoptères cette perturbation du microbiome perturbe 
  la synthèse d'acides aminés comme la tyrosine qui intervient dans 
  la synthèse des éléments de la cuticule (mélanisation 
  et sclérotisation) (Kiefer et al 2021) et donc influe sur le profil cuticulaire. 
  
- Chez 
  les bourdons. En situation d'apprentisssage, chez Bombus 
  impatiens, il n'y a pas de différence entre les bourdons en élevage 
  avec ou sans microbiote intestinal (Leger et al 2020).
  Lars Chittka, le grand spécialiste anglais des bourdons, travaille avec 
  les chinois. Ils ont exploré le microbiome intestinal de bourdons Bombus 
  terrestris et trouvé une corrélation positive entre la mémoire 
  d'une discrimination visuelle et la quantité de lactobacilles Firm-5, 
  mais pas avec les autres lactobacilles. Si on supplémente des bourdons 
  avec ce bacille on trouve plus de LPA (un glycérophospholipide, composant 
  des membranes biologiques)  dans l'hémolymphe. De même la 
  supplémentation orale de LPA accroit la mémoire (Li et al 2021). 
  
  Signatures 
  génomiques de bourdons
  Une étude du génome de mâles de Bombus terrestris 
  en Gde-Bretagne. Les auteurs ont observé une très forte variabilité 
  du génome concernant la neurobiologie et le développement des 
  ailes. Ils ont aussi trouvé un transfert horizontal de gènes avec 
  des bactéries Wolbachia (Colgan et al 2022).  
  
- Chez les drosophiles les bactéries commensales (surtout Wolbachia et Lactobacillus) jouent un rôle dans le choix de l'espèce du partenaire sexuel par l'intermédiaire des hydrocarbures cuticulaires, ce qui peut jouer un rôle dans la spéciation (Sharon et al. 2010).
- Chez 25 espèces de guêpes Philanthus prédatrices d'abeilles (beewolf wasps) on trouve 49 antibiotiques contre les Streptomyces avec des variations entre espèce
Chez les vertébrés
Le rôle du microbionte devient fondamental dans la biologie des organismes comme le signale Science & Vie de janvier 2021 (Sciamma 2021)
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